#!/bin/csh -f

set INP = "$1"

if ($INP == "") then
  echo "Specify simulation root"
  exit
else
  echo "Running simulation $INP"
endif


if ( ! -e $INP.mini.rst) then
  echo "Running mini.in"
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/mini.in -o $INP.mini.out -p $INP.topo \
    -c $INP.coords.rand -ref $INP.coords.rand -r $INP.mini.rst \
    -x $INP.mini.trj -e $INP.mini.ene
endif


if ( ! -e $INP.heat.rst) then
  echo "Running heat.in"
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/heat.in -o $INP.heat.out -p $INP.topo \
    -c $INP.mini.rst -ref $INP.mini.rst -r $INP.heat.rst \
    -x $INP.heat.trj -e $INP.heat.ene
endif


if ( ! -e $INP.mini5.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/mini5.in -o $INP.mini5.out -p $INP.topo \
    -c $INP.heat.rst -ref $INP.heat.rst -r $INP.mini5.rst \
    -x $INP.mini5.trj -e $INP.mini5.ene
endif


if ( ! -e $INP.eq5.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/eq5.in -o $INP.eq5.out -p $INP.topo \
    -c $INP.mini5.rst -ref $INP.mini5.rst -r $INP.eq5.rst \
    -x $INP.eq5.trj -e $INP.eq5.ene
endif


if ( ! -e $INP.mini4.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/mini4.in -o $INP.mini4.out -p $INP.topo \
    -c $INP.eq5.rst -ref $INP.eq5.rst -r $INP.mini4.rst \
    -x $INP.mini4.trj -e $INP.mini4.ene
endif


if ( ! -e $INP.eq4.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/eq4.in -o $INP.eq4.out -p $INP.topo \
    -c $INP.mini4.rst -ref $INP.mini4.rst -r $INP.eq4.rst \
    -x $INP.eq4.trj -e $INP.eq4.ene
endif


if ( ! -e $INP.mini3.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/mini3.in -o $INP.mini3.out -p $INP.topo \
    -c $INP.eq4.rst -ref $INP.eq4.rst -r $INP.mini3.rst \
    -x $INP.mini3.trj -e $INP.mini3.ene
endif


if ( ! -e $INP.eq3.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/eq3.in -o $INP.eq3.out -p $INP.topo \
    -c $INP.mini3.rst -ref $INP.mini3.rst -r $INP.eq3.rst \
    -x $INP.eq3.trj -e $INP.eq3.ene
endif


if ( ! -e $INP.mini2.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/mini2.in -o $INP.mini2.out -p $INP.topo \
    -c $INP.eq3.rst -ref $INP.eq3.rst -r $INP.mini2.rst \
    -x $INP.mini2.trj -e $INP.mini2.ene
endif


if ( ! -e $INP.eq2.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/eq2.in -o $INP.eq2.out -p $INP.topo \
    -c $INP.mini2.rst -ref $INP.mini2.rst -r $INP.eq2.rst \
    -x $INP.eq2.trj -e $INP.eq2.ene
endif


if ( ! -e $INP.mini1.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/mini1.in -o $INP.mini1.out -p $INP.topo \
    -c $INP.eq2.rst -ref $INP.eq2.rst -r $INP.mini1.rst \
    -x $INP.mini1.trj -e $INP.mini1.ene
endif


if ( ! -e $INP.eq1.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/eq1.in -o $INP.eq1.out -p $INP.topo \
    -c $INP.mini1.rst -ref $INP.mini1.rst -r $INP.eq1.rst \
    -x $INP.eq1.trj -e $INP.eq1.ene
endif


if ( ! -e $INP.eq05.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/eq05.in -o $INP.eq05.out -p $INP.topo \
    -c $INP.eq1.rst -ref $INP.eq1.rst -r $INP.eq05.rst -x $INP.eq05.trj -e $INP.eq05.ene
endif


if ( ! -e $INP.md0.rst) then
  ibrun ~/sander.MPI -O -i ../inputs/md0.in -o $INP.md0.out -p $INP.topo \
    -c $INP.eq05.rst -ref $INP.eq05.rst -r $INP.md0.rst -x $INP.md0.trj -e $INP.md0.ene
endif
