#!/bin/csh -f

set echo
set sim = $1
if ($sim == "") then
   echo "Specify simulation name/directory"
   exit
endif

echo "Running equilibration for $sim"

set mpirun = "/uufs/sanddunearch.arches/sys/pkg/mvapich/std/bin/mpirun_rsh -rsh -np 8 -hostfile $PBS_NODEFILE"
set pmemd = "~/sander-a9-mvapich"

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/mini.in -o mini.out -p $sim.topo -c $sim.coords.rand \
    -ref $sim.coords.rand -r mini.rst -x mini.trj -e mini.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/heat.in -o heat.out -p $sim.topo -c mini.rst -ref mini.rst -r heat.rst -x heat.trj -e heat.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/mini5.in -o mini5.out -p $sim.topo -c heat.rst -ref heat.rst -r mini5.rst -x mini5.trj -e mini5.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/eq5.in -o eq5.out -p $sim.topo -c mini5.rst -ref mini5.rst -r eq5.rst -x eq5.trj -e eq5.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/mini4.in -o mini4.out -p $sim.topo -c eq5.rst -ref eq5.rst -r mini4.rst -x mini4.trj -e mini4.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/eq4.in -o eq4.out -p $sim.topo -c mini4.rst -ref mini4.rst -r eq4.rst -x eq4.trj -e eq4.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/mini3.in -o mini3.out -p $sim.topo -c eq4.rst -ref eq4.rst -r mini3.rst -x mini3.trj -e mini3.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/eq3.in -o eq3.out -p $sim.topo -c mini3.rst -ref mini3.rst -r eq3.rst -x eq3.trj -e eq3.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/mini2.in -o mini2.out -p $sim.topo -c eq3.rst -ref eq3.rst -r mini2.rst -x mini2.trj -e mini2.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/eq2.in -o eq2.out -p $sim.topo -c mini2.rst -ref mini2.rst -r eq2.rst -x eq2.trj -e eq2.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/mini1.in -o mini1.out -p $sim.topo -c eq2.rst -ref eq2.rst -r mini1.rst -x mini1.trj -e mini1.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/eq1.in -o eq1.out -p $sim.topo -c mini1.rst -ref mini1.rst -r eq1.rst -x eq1.trj -e eq1.ene

$mpirun $pmemd -O -i ../inputs/eq05.in -o eq05.out -p $sim.topo -c eq1.rst -ref eq1.rst -r eq05.rst -x eq05.trj -e eq05.ene


