#/bin/tcsh

foreach dn (aa ac ca cc uu gg ag)
mkdir ./$dn/cluster-all/km-5-bbC2
cd ./$dn/cluster-all/km-5-bbC2
cat << EOF > pt-clust.in
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strip :WAT,Na+,Cl-
rmsd :1-2&!@H= first mass

cluster :1,2@C5',C4',C3',O3',P,C2 summary clust-summary.dat repout rep repfmt pdb clusterout ctraj clusterfmt netcdf \
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EOF

cat << EOF > cpptraj.runit_lp
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#SBATCH -p cheatham-lp
#SBATCH -J $dn-km5bb
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#SBATCH -n 8
#SBATCH -t 72:00:00

source /uufs/chpc.utah.edu/common/home/u0827715/Amber/GIT/amber-lonepeak/amber.csh
setenv AMBERHOME /uufs/chpc.utah.edu/common/home/u0827715/Amber/GIT/amber-lonepeak

cpptraj.OMP -i pt-clust.in > pt-clust.log
EOF

cd ../../../
end
